Я тоже делал так. А также компилил самый актуальный билд из svn, и предыдущие стабильные версии ставил - всё напрасно... И проблема явно не в контроллере, т.к. на debian'е тот же самый контроллер с той же самой версией smt работает нормально. М.б. драйвер usb кривой, м.б. версия ядра не подходящая - не знаю. Потому задал вопрос аудитории, да видимо никто не в курсе...
Сообщил Eko о проблеме. Суть вот в чем. Smartmontools, а также это касается и hdparm, посылают команды HDD диску при помощи команды SCSI pass-through. Ее поддержка должна быть в USB драйвере. А ее там сейчас к сожалению нет. И пока кто-нибудь ее туда не добавит, smartmontools работать не будет.
Кто-то мне говорил, что в debian все работает. Можно оттуда попробовать взять из исходников и вставить в usb-storage.c Если кто в силах, сделайте.